markers_summary.tsv¶
A summary of unique, duplicated, and missing markers within the 120 bacterial marker set, or the 53 archaeal marker set for each submitted genome.
For each genome:
Unique genes are markers which had hits to only a single gene.
Multiple genes are markers which had hits to multiple genes, where sequences differed.
Multiple unique genes are markers which hits to multiple genes, however, the sequence was identical. These are considered as unique for downstream analysis.
Missing genes are markers which did not have any hits.
Produced by¶
Example¶
name number_unique_genes number_multiple_genes number_multiple_unique_genes number_missing_genes list_unique_genes list_multiple_genes list_multiple_unique_genes list_missing_genes
genome_1 120 2 0 0 PF00368.13,PF00410.14,PF00466.15,PF00687.16,PF00827.12,PF00900.15,PF01000.21,PF01015.13,PF01090.14,PF01092.14,PF01157.13,PF01191.14,PF01194.12,PF01198.14,PF01200.13,PF01269.12,PF01280.15,PF01282.14,PF01496.14,PF01655.13,PF01798.13,PF01864.12,PF01866.12,PF01868.11,PF01984.15,PF01990.12,PF02006.11,PF02978.14,PF03874.11,PF04019.7,PF04104.9,PF07541.7,PF13656.1,PF13685.1,TIGR00021,TIGR00037,TIGR00042,TIGR00064,TIGR00111,TIGR00134,TIGR00240,TIGR00264,TIGR00270,TIGR00279,TIGR00283,TIGR00291,TIGR00293,TIGR00307,TIGR00308,TIGR00323,TIGR00324,TIGR00335,TIGR00336,TIGR00337,TIGR00373,TIGR00389,TIGR00392,TIGR00398,TIGR00405,TIGR00408,TIGR00422,TIGR00425,TIGR00432,TIGR00442,TIGR00448,TIGR00456,TIGR00458,TIGR00463,TIGR00468,TIGR00471,TIGR00491,TIGR00501,TIGR00521,TIGR00522,TIGR00549,TIGR00658,TIGR00670,TIGR00729,TIGR00936,TIGR00982,TIGR01008,TIGR01012,TIGR01018,TIGR01020,TIGR01025,TIGR01028,TIGR01038,TIGR01046,TIGR01052,TIGR01060,TIGR01077,TIGR01080,TIGR01213,TIGR01309,TIGR01952,TIGR02076,TIGR02153,TIGR02236,TIGR02258,TIGR02338,TIGR02389,TIGR02390,TIGR02651,TIGR03626,TIGR03627,TIGR03628,TIGR03629,TIGR03636,TIGR03653,TIGR03665,TIGR03670,TIGR03671,TIGR03672,TIGR03673,TIGR03674,TIGR03677,TIGR03680,TIGR03683,TIGR03684,TIGR03722 PF04919.7,TIGR00490
genome_2 108 1 0 13 PF00368.13,PF00410.14,PF00687.16,PF00827.12,PF00900.15,PF01000.21,PF01015.13,PF01090.14,PF01092.14,PF01157.13,PF01191.14,PF01198.14,PF01200.13,PF01269.12,PF01280.15,PF01282.14,PF01496.14,PF01655.13,PF01798.13,PF01864.12,PF01868.11,PF01984.15,PF01990.12,PF02978.14,PF03874.11,PF04019.7,PF04919.7,PF07541.7,PF13656.1,PF13685.1,TIGR00021,TIGR00037,TIGR00042,TIGR00064,TIGR00111,TIGR00134,TIGR00240,TIGR00264,TIGR00270,TIGR00279,TIGR00283,TIGR00291,TIGR00293,TIGR00307,TIGR00308,TIGR00323,TIGR00324,TIGR00335,TIGR00336,TIGR00389,TIGR00392,TIGR00398,TIGR00405,TIGR00408,TIGR00422,TIGR00425,TIGR00442,TIGR00448,TIGR00456,TIGR00463,TIGR00468,TIGR00471,TIGR00490,TIGR00491,TIGR00501,TIGR00521,TIGR00522,TIGR00658,TIGR00670,TIGR00729,TIGR00982,TIGR01008,TIGR01012,TIGR01018,TIGR01020,TIGR01025,TIGR01028,TIGR01038,TIGR01046,TIGR01052,TIGR01060,TIGR01077,TIGR01080,TIGR01213,TIGR01309,TIGR01952,TIGR02076,TIGR02153,TIGR02236,TIGR02258,TIGR02338,TIGR02389,TIGR02651,TIGR03626,TIGR03627,TIGR03628,TIGR03629,TIGR03653,TIGR03665,TIGR03670,TIGR03671,TIGR03672,TIGR03673,TIGR03674,TIGR03677,TIGR03680,TIGR03684,TIGR03722 PF01866.12 PF00466.15,PF01194.12,PF02006.11,PF04104.9,TIGR00337,TIGR00373,TIGR00432,TIGR00458,TIGR00549,TIGR00936,TIGR02390,TIGR03636,TIGR03683
genome_3 92 8 0 22 PF00410.14,PF00466.15,PF00687.16,PF00827.12,PF00900.15,PF01000.21,PF01090.14,PF01092.14,PF01157.13,PF01191.14,PF01194.12,PF01200.13,PF01269.12,PF01282.14,PF01496.14,PF01798.13,PF01864.12,PF01984.15,PF01990.12,PF02006.11,PF03874.11,PF04019.7,PF04104.9,PF04919.7,PF07541.7,TIGR00021,TIGR00037,TIGR00042,TIGR00064,TIGR00134,TIGR00240,TIGR00264,TIGR00270,TIGR00279,TIGR00283,TIGR00291,TIGR00293,TIGR00307,TIGR00308,TIGR00323,TIGR00324,TIGR00335,TIGR00336,TIGR00405,TIGR00408,TIGR00422,TIGR00425,TIGR00432,TIGR00448,TIGR00456,TIGR00463,TIGR00471,TIGR00490,TIGR00491,TIGR00501,TIGR00521,TIGR00522,TIGR00549,TIGR00658,TIGR00670,TIGR00729,TIGR00936,TIGR00982,TIGR01012,TIGR01018,TIGR01028,TIGR01038,TIGR01046,TIGR01060,TIGR01077,TIGR01080,TIGR01213,TIGR01952,TIGR02076,TIGR02153,TIGR02236,TIGR02338,TIGR02389,TIGR02390,TIGR03626,TIGR03627,TIGR03629,TIGR03653,TIGR03665,TIGR03670,TIGR03671,TIGR03672,TIGR03673,TIGR03677,TIGR03680,TIGR03684,TIGR03722 PF00368.13,PF01198.14,PF01866.12,PF13656.1,TIGR00392,TIGR01052,TIGR02651,TIGR03674 PF01015.13,PF01280.15,PF01655.13,PF01868.11,PF02978.14,PF13685.1,TIGR00111,TIGR00337,TIGR00373,TIGR00389,TIGR00398,TIGR00442,TIGR00458,TIGR00468,TIGR01008,TIGR01020,TIGR01025,TIGR01309,TIGR02258,TIGR03628,TIGR03636,TIGR03683